Lai noskaidrotu tiocianāta un CA II mijiedarbības mehānismu, veikta detalizēta kvantu ķīmiskā izpēte, izmantojot pusempīrisko PM6 metodi. Aktīvā centra modelis tika balstīts uz CA II struktūras kristalogrāfiskajiem datiem (PBP kods - 2CBA). Modelī tika iekļauti: Zn2+ katjons,kas ir saistīts ar OH- ligandu un triju histidīnu – His94, His96, His119 – atlikumu imidazolu gredzeniem; atlikumi Glu106, Thr199, Thr200, His107, Arg246, Asn244, Gln92 un 8 ūdens molekulas. Mijiedarbības pirmā stadija noris spontāni un tās gaitā notiek tiocianāta molekulas deprotonēšana un tiocianāta anjona (SCN-) veidošanās. Pēc ts pārvarēšanas cinka koordinācijas sferā noris ūdens molekulas aizvietošana ar tiocianāta anjonu SCN-. Līdzsvara stāvoklī saites Zn-N garums ir 1,844 Å, un atbilstošā saites kārta ir 0,639.