DNS heksamēru (ATGCAT, ATCGAT, TAGCTA, TACGTA) 3D struktūras noteikšana, izmantojot 2D kmr spektroskopiju
2008
Kirils Zinovjevs, Kristaps Jaudzems, Edvards Liepiņš

Noteiktas struktūras izšķīdinātiem paškomplementāriem DNS heksamēriem ar ApT vai TpA bāzes soļiem katrā galā un ar CpG vai GpC soļiem vidū, kuras atgādina bioloģiski svarīgās “E-box” sekvences. Visi četri heksamēri veido labēji virzītu antiparalēlu spirālveida dupleksa otrējo struktūru. 1H-KMR spektru temperatūras pētījumi parādīja, ka izpētītie dupleksi ir stabīli vismaz līdz +25°C. Ārējo bāzu pāru palielinātas mobilitātes dēļ DNS standartparametri aprēķināti un izanalizēti tikai katra dupleksa četriem vidējiem soļiem . Makroskopiskās izliektības analīze uzrādīja secību rindā TACGTA>ATGCAT>ATCGAT>TAGCTA. Secināts, ka palielināta makroskopiska izliektība jau brīvā nesaistītā stāvoklī varētu veicināt vieglāku, enerģētiski izdevīgāku DNS lokālo fragmentu mijiedarbību ar proteīniem vai ārstniecības preparātiem.


Atslēgas vārdi
NMR spectroscopy, DNA, oligonucleotides, stereochemistry

Zinovjevs, K., Jaudzems, K., Liepiņš, E. DNS heksamēru (ATGCAT, ATCGAT, TAGCTA, TACGTA) 3D struktūras noteikšana, izmantojot 2D kmr spektroskopiju . Materiālzinātne un lietišķā ķīmija . Nr.16, 2008, 99.-106.lpp. ISSN 1407-7353.

Publikācijas valoda
Latvian (lv)
RTU Zinātniskā bibliotēka.
E-pasts: uzzinas@rtu.lv; Tālr: +371 28399196